Docker

コンテナを作れるし、読める。
ただしroot権限が必要。自分のPCなら良いが、共通計算機では使いづらそう。

ATLASでのDockerの資料

Docker Software Tutorial

https://indico.cern.ch/event/772589/contributions/3210539/attachments/1788754/2913246/DockerSWTutorial.pdf

https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/AtlasComputing/AtlasDocker

を見ると自分のMac, LinuxにDockerを入れるのが前提のようです。

root権限がない場合は

https://docs.docker.com/engine/security/rootless/

https://docs.docker.com/engine/install/linux-postinstall/

を見てと書いてあります。でも、それなりの権限が必要そう。

Singularity

コンテナを読める。root権限は不要。

ATLASでのSingularity の資料

https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/AtlasComputing/AthenaSingularitySetup

https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/AtlasComputing/AtlasDocker

2019年のATLASソフトウェア講習会での資料

Dockerとの比較

https://speakerdeck.com/pottava/quiz-singularity

https://qiita.com/daikumatan/items/a1f442777f9b7bc13112

ATLASでの使用

AnalysisBase

https://gitlab.cern.ch/atlas-sit/docker/-/tree/master/analysisbase

がコンテナを作るためのコードのようで、そこからリンクされている

https://hub.docker.com/r/atlas/analysisbase/

が作られたコンテナのようです。

https://hub.docker.com/r/atlas/analysisbase/tags

を見ると色々あります。

lxplus.cern.chでの使用

setupATLAS -c docker://atlas/analysisbase:21.2.114 

などとリリースを指定して、設定できる。詳しくは

setupATLAS -c -h

もしくは

https://twiki.atlas-canada.ca/bin/view/AtlasCanada/Containers

を参照。

Athena

RECAST

ATLAS RECAST Tutorial

https://danikam.github.io/2019-08-19-usatlas-recast-tutorial/

Dockerを自分のPCに入れて動かすことが前提のよう。

gitlab-registry.cern.ch

gitlab.cern.chにあるコードが動作するコンテナを保存するため場所のよう。

https://cern.service-now.com/service-portal?id=kb_article&n=KB0004284

に記述がある。

自分のPCでの使用

例として、

https://gitlab.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/EXOT-2018-30/-/blob/master/Dockerfile

で設定されている(と思われる)

gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis

を使うには、Dockerを用いて、rootアカウントかsudoで

docker login gitlab-registry.cern.ch

でCERNのアカウント名とパスワードを打ち、

docker run -it gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis /bin/bash

を実行する。atlasアカウントで/codeにいる。

source /usr/AnalysisBase/21.2.63/InstallArea/x86_64-slc6-gcc62-opt/setup.sh 
cd /code/build 
source x86_64-slc6-gcc62-opt/setup.sh

し、runitなどの実行ができるようにする。

lxplus.cern.chでの使用

root権限はないので、Dockerは(たぶん)使えない。代わりにSingurarityを使う。

singularity run --docker-login docker://gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis

でCERNのアカウント名とパスワードを打ち、10分程度待つ。

~/.singularity 

にファイルが保存される。数GBになり得る。

Singularity>

というプロンプトがでて、そこで指示されたように

source /home/atlas/release_setup.sh

とすると

[bash][oda AnalysisBase-21.2.63]:~ >

とプロンプトが変わる。アカウントはlxplus.cern.chのもののまま。

source /usr/AnalysisBase/21.2.63/InstallArea/x86_64-slc6-gcc62-opt/setup.sh 
cd /code/build 
source x86_64-slc6-gcc62-opt/setup.sh

し、runitなどの実行ができるようにする。


https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/AtlasComputing/ADCContainersDeployment#Image_distribution

を見ると、

setupATLAS -c docker://gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis

で良さそうに思うが、やってみると

FATAL:   Unable to handle docker://gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis uri: failed to get SHA of docker://gitlab-registry.cern.ch/atlas-phys/exot/lpx/exot-2018-30-projects/exot-2018-30-muonanalysis: unexpected http code: 403 (Forbidden), URL: https://gitlab.cern.ch/jwt/auth?scope=repository%3Aatlas-phys%2Fexot%2Flpx%2Fexot-2018-30-projects%2Fexot-2018-30-muonanalysis%3Apull&service=container_registry

と出て来て、ダメのよう。


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Last-modified: 2020-06-03 (水) 13:04:24 (65d)