login.icepp.jpのLSFバッチの使う時

ディレクトリ

/tmp/${LSB_JOBID}.tmpdir

が自動的に生成、消去されるので、gpfsからここに入力ファイルをコピーする。 出力ファイルも一旦ここに作り、最後に目的のディレクトリにコピーするのが良い。

環境変数

環境変数はジョブを投げた時の設定が引き継がれる。 なので、各ジョブでsetupATLASやasetupなどを行う必要はないが、行うこともできる。

setupATLAS

export ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE=/cvmfs/atlas.cern.ch/repo/ATLASLocalRootBase
alias setupATLAS='source ${ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE}/user/atlasLocalSetup.sh'
setupATLAS

ジョブは~/.bashrcを読まないので、設定しようと思うと、最初の2行も必要。

Gitリリースでのasetup

asetup Athena 21.0.20

ではだめで、asetupが見つからないと怒られる。

lsetup 'asetup Athena 21.0.20'

では、環境変数が正しく設定されない。バッチとインタラクティブで違う??

lsetup asetup
asetup Athena 21.0.20

だと良いみたい。

FRONTIER

export FRONTIER_SERVER="(proxyurl=http://conddb-px02.icepp.jp:3128)"$FRONTIER_SERVER

で、プロキシを設定 2019年8月現在は自動的に設定されるので、不要。

bsub

絶対パスで、標準出力、エラー出力、実行ファイルを指定する

if [ ! -e out ]; then
    mkdir out
fi

if [ ! -e err ]; then
    mkdir err
fi

for i in `\ls -1 /home/oda/data2082d/SCT/data17_cos.00321157.physics_HLT_IDCosmic.merge.RAW/`
do
    j=`echo $i | sed 's/_lb/ lb/' | sed 's/\._SFO-ALL/ /' | awk '{print$2}'`
    echo $i $j
    bsub -q 1d -o $PWD/out/${j}.txt -e $PWD/err/${j}.txt sh $PWD/exec.sh $i $j
done

みたいに、$PWDを使えば良い。

j=0
for i in `cat list.txt`
do
    k=`printf "%04d" $j`
    echo $i $j $k
    bsub -q 1d -o $PWD/out/$j.txt -e $PWD/err/$j.txt sh $PWD/exec.sh $i $k
    let j=$j+1
done

または

for i in {0..99}

などを使う。


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Last-modified: 2019-08-02 (金) 15:55:16 (17d)